Q.パッケージ版とダウンロード版の違いは？

　A.ゲーム内容に違いはありません。ただし、いくつかの注意点があります。

特典はパッケージ版のみ

　店舗予約特典はパッケージ版のみとなります。

関連：店舗予約特典は『ホイミンのTシャツ』 ― 歩くごとにHP回復

DL版は空き容量が必要

　ダウンロード版はSDカードにゲームデータを保存するため、その分の空き容量が必要です。関連：Q.ダウンロード版の容量は？

DL版は本体破損時にプレイできなくなる

　特に大きな問題のひとつです。

　ダウンロード版の場合、本体の買い替えの際には『引っ越し機能』によってゲームデータを移行させられます。
　しかし、本体が破損してしまった場合には、ゲームデータを移行することができず、再びプレイするためには本体とゲームを買い直し、新たなセーブデータで始めなければなりません。