『ポケモン 超不思議のダンジョン』は、入る度に地形の変わるダンジョンを探索する『不思議のダンジョン』シリーズのシステムを搭載したRPGです。ポケモンの子どもになってしまい、記憶も失ってしまった主人公が、パートナーのポケモンと一緒に、"ポケモン調査団"に入り、世界の謎と自分の記憶を追う物語が展開します。