チャート

プロローグ【前半:時獄の果てに/後半:地球絶対防衛線】

• 01話【新地球皇国】
  
• 02話【守るべきもの】
  
• 03話【新世界への扉】
  

分岐パート【(A)翠の地球/(B)蒼の地球】

• 04話【【もう一つの地球/宇宙と大地の狭間】
  

分岐パート【(A)翠の地球/(B1)蒼の地球　北米/(B2)蒼の地球　極東】

• 05話【翠の大海原/北米戦線、波高し/新たなる戦場】
  
• 06話【漂流者/ジオンの未来/トウキョウ攻防戦】
  
• 07話【無頼の女帝/オーティス基地攻略戦/厳島の奇跡】
  
• 08話【旅立ちの日/毒針/第2次トウキョウ攻防戦】
  

分岐パート【(A)翠の地球/(B1B2共通)蒼の地球】

• 09話【戦いの大地/平和への暁】
  
• 10話【蠍の毒、蝶の毒/赤い彗星の影】
  
• 11話【出撃、トップレス！/プラント動乱】
  
• 12話【憎しみの翅、愛しさの翼】
  
• 13話【大気圏突入】
  
• 14話【アルカトラズ大脱走】
  
• 15話【決戦、ラース・バビロン！】
  
• 16話【終わる世界】
  

分岐パート【(A)マクロス・クォーター/(B)ドラゴンズハイヴ/(C)トゥアハー・デ・ダナン】

• 17話【銀河の海/飢える破壊魔/敗走】
  
• 18話【禁断の惑星/果てなき破壊の化身/孤影】
  
• 19話【大いなる意思/裂ける次元/怒りのナムサク】
  
• 20話【未知なる恐怖/導く者/ザ・リターンマン】
  

分岐パート【(AB合流)マクロス・クォーター+ドラゴンズハイヴ/(C)トゥアハー・デ・ダナン】

• 21話【ジュピター・クライシス/遭遇】
  
• 22話【マーズ・エンカウント/再会の火の星】
  
• 23話【最後の来訪者】
  
• 24話【一筋の光明】
  
• 25話【特異点の使命】
  

分岐パート【(A)日本（中央大陸）/(B)ガルガンティア船団（残されの海）】

• 26話【輝けぼくらの星/深海の秘密】
  
• 27話【地上に降りた太陽/野望の島】
  
• 28話【闇の兄、光の弟/翠の海の明日】
  
• 29話【猛攻のストラウス/深淵よりの目覚め】
  
• 30話【闇の中の真実】
  
• 31話【憎しみと悲しみと】
  
• 32話【太極】
  
• 33話【黒歴史の闇】
  
• 34話【復活の日】
  
• 35話【1万2000年を越えて】
  

分岐パート【(A)日本/(B)宇宙/(C)ミスリル】

• 36話【帰ることなき故郷/宇宙の神/世界への挑戦】
  
• 37話【光の魔神/暗闇のリディ/神への誘い】
  
• 38話【永遠の戦士/ハマーンのためらい/幻影】
  
• 39話【受け継がれる牙/想いと力の向かう先/歪む因果】
  
• 40話【光と闇の向こうに/赤い彗星の未来/迫るクロス・オブ・ワールド】
  
• 41話【ずっと、スタンド・バイ・ミー】
  
• 42話【炎】
  

分岐パート【(A)シンジルート/(B)クロウルート/(C)シャアルート】

• 43話【閉じた世界/永遠の聖王国/BEYOND THE DEMENSION】
  
• 44話【宿命を越えて】
  
• 45話【虹の彼方に】
  
• 46話【守るべき未来】
  
• 47話【決戦の地へ】
  
• 48話【燃える地球】
  
• 49話【宇宙に響く声】
  
• 50話【星の向こうに】
  
• 51話【運命への出航】
  

分岐パート【(A)真ゲッタードラゴンルート/(B)バジュラルート】

• 52話【神に導かれし者/崩壊へのスタンピード】
  
• 53話【歪んだ進化/愛憎のラビリンス】
  
• 54話【閃光！！ 次元の果て！/愛する翼】
  
• 55話【死闘の銀河】
  
• 56話【覚醒】
  

分岐パート【希望は残っている/絶望しかない】

• 57話【真化、その意味/終焉の宇宙】
  
• 58話【哀しき墓守】
  
• 59話【邪神降臨】
  
• 60話【永遠へ】
  
• 61話【黒い太陽】
  

最終話【果てなき世界】