マリオとルイージが、不思議な本から飛び出したペラペラなピーチやキノピオたちを元の世界に戻すため、新たな仲間「ペーパーマリオ」と共に、3人で世界を駆け巡るRPGです。「紙」の特性を持つペーパーマリオの能力を使って、時には敵と戦ったり、時には行く手を妨げる障害を突破しましょう。